2019年10月1日,5-羟甲基(jī)化胞嘧(mì)啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖(táng)尿病研究(jiū)领域取得重要进展。2型糖尿病(T2D)的血管并发症是(shì)导致2型糖(táng)尿病致残致死的重要病因,一直缺乏一种无创便捷的(de)临床(chuáng)途径实现血管并发症的发生发展监(jiān)测,达到早发现、早干预(yù),以提高T2D病人的整体生活质(zhì)量,减(jiǎn)少(shǎo)卫(wèi)生经济负担。
该(gāi)研究入(rù)组了62例(lì)2型糖尿病病(bìng)人,采(cǎi)用(yòng)5hmC-Seal技术对(duì)血浆(jiāng)cfDNA中(zhōng)表观遗传标志物5hmC的(de)分布情况(kuàng)进行(háng)检测(cè),分析5hmC标志物与2型糖(táng)尿(niào)病血管并发(fā)症(zhèng)发生发展的相关性。结(jié)果表明5hmC标(biāo)志物的变化与T2D合并大(dà)血管/微血管事件具有相关(guān)性,主要涉及(jí)一些与血管生物学和糖尿病(包括胰岛(dǎo)素耐(nài)受和炎症反应(yīng))相关(guān)的基因(yīn)和信号通路。该研(yán)究建立的16个基因-5hmC标志物(wù)组合检测可以准确区分有(yǒu)并发症(zhèng)和(hé)无并发(fā)症的2型糖尿病病人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于(yú)传统临床变量例(lì)如白蛋白尿。除此之(zhī)外,还建立了13个基因-5hmC标志(zhì)物组合检(jiǎn)测,可以进一(yī)步区分T2D合并单一并发症和(hé)多种(zhǒng)并发症[实验组(zǔ):AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显(xiǎn)优于其他传统临床变量。该研究得出结论,5hmC标志物反映了(le)T2D病(bìng)人大血管/微血管并发症发(fā)生过程中的表观遗传变化,因而5hmC-Seal检测技术在监测糖尿病血管并发症发(fā)生和进展方面具有良好的(de)临床应用前(qián)景(jǐng)。
试验设(shè)计
本(běn)研究共纳入62例2型糖尿病病人,包括没有血管(guǎn)并发症的(de)病人(rén)12例,有单一血管并(bìng)发症的病人(rén)34例(24例发生大血管(guǎn)事(shì)件,10例发生微血(xuè)管事件),以及有(yǒu)多种血管并发症的病人16例。试验收(shōu)集62例病人(rén)血浆(jiāng),提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外(wài)周血(xuè)cfDNA中的5hmC序列(liè),进行二代测序,通(tōng)过生物信(xìn)息学分析找(zhǎo)出并(bìng)发症组与无(wú)并发症组之间有显著5hmC修(xiū)饰差(chà)异的基因,单一并发症组和多种并发症组之间有显著5hmC修饰差异的基因。随后利用回归模型对差(chà)异基因进一步筛选、优化,弹性网(wǎng)络进一步筛选,计算(suàn)加权(quán)平均分,最后得到(dào)一(yī)组(zǔ)具有高度灵敏度和特异性的5hmC生物标记物,并进一(yī)步在(zài)实验组(zǔ)中(zhōng)验证(zhèng),分析其灵(líng)敏度和特异性。并将新(xīn)建立(lì)的5hmC标志物(wù)基因组(zǔ)合(hé)的检测性能与传统临床变量(liàng)进行对比分析。最后对相关基因进行了信号(hào)通路(lù)分析和功能探究。
5hmC修(xiū)饰水平与血管并发症具(jù)有(yǒu)相(xiàng)关性
利用逻辑回归模型(xíng)对(duì)62例(lì)有(yǒu)并发症和无并(bìng)发(fā)症2型糖尿病病(bìng)人的(de)5hmC差异水平进(jìn)行(háng)分析发(fā)现,有并(bìng)发(fā)症(zhèng)2型糖尿病病(bìng)人的622个差异修饰候选基因(包括(kuò)上调和下调基因)的归一化平均数(shù)要明显高于无并发症的病人(P<0.001),但是单一并(bìng)发症和(hé)多发并发症(zhèng)病人之(zhī)间(jiān)没有显著差异。
之后将(jiāng)有(yǒu)单一并发症(zhèng)或多种并发症的50例病人用逻辑(jí)回归模型进行了对比,发现多种并发症的病人的153个差异修饰候选基因(包括上调和下调基因)的归一化平均(jun1)数要低于无并(bìng)发症病(bìng)人(P<0.001)。
5hmC标志物可(kě)区分有无并发症(zhèng)患者
62例2型糖尿(niào)病病人被随机(jī)分(fèn)成训练组(n=31)和测试组(n=31)。利用弹(dàn)性网络筛选后发现,16基因-5hmC标(biāo)志物(wù)组合检测(cè)可以用于区分有并发症和无并发症的(de)2型糖(táng)尿病病人(rén)。
基于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平均分分析,发现无并发症病(bìng)人的分数在训(xùn)练集和测试集中都明显低于(yú)有并发症的病人。只考虑加权平均分的话,受试者工作(zuò)特征曲线(ROC)分析表明将cutoff值设置成0.5时,在测试组中中的(de)灵敏(mǐn)度为60%,特异性为100%。 5hmC标志物可区(qū)分病人是单一并发症(zhèng)还(hái)是多(duō)种并发症 50例有并(bìng)发症的2型糖尿(niào)病(bìng)病人被随机分成训练组(n=25)和测试(shì)组(n=25)。利用弹性网(wǎng)络筛选(xuǎn)后(hòu)发现(xiàn),13基因-5hmC标志物组合可以区分2型糖(táng)尿病病(bìng)人是否发生单(dān)一(yī)并(bìng)发症或多种并发症(zhèng)。 基于13基因组(zǔ)合模型 (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症和多种并发症的(de)加权(quán)平均分,发现在训练集和测试集(jí)中单一并发症(zhèng)和多种并发症病(bìng)人的分(fèn)数都有明(míng)显差异(yì)。值(zhí)得(dé)一提(tí)的是,有肾病并发症和无肾病并发(fā)症(zhèng)病人的(de)分(fèn)数(shù)也(yě)有明显差异。利用(yòng)加(jiā)权平均(jun1)分作为判断标准的受试者工作特征(zhēng)曲线(ROC)表明,在测试组中当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物与(yǔ)传(chuán)统临床变量/危险因子的对比 我们评估了不同临床(chuáng)变量/危险因(yīn)子用于监测血管并发症(zhèng)的灵(líng)敏度和特异性(见表1)。
总(zǒng)体来说,结果表明一些(xiē)临床变量(如尿液白蛋白、血清ALT、AST、肌(jī)酐、GGT、脂蛋白a)虽然具(jù)有一(yī)定的灵敏度和特异性,但是(shì)整体准确(què)度仍(réng)然差强人意(yì),因此临床需要(yào)更加(jiā)准确的方法(fǎ)。另(lìng)外,我们还在训练组(zǔ)中建(jiàn)立5hmC和不同临(lín)床变量的多变(biàn)量组合模型(xíng)进(jìn)行评(píng)估,该模型(xíng)加权平(píng)均分的AUC要明显大(dà)于传统临床变量的AUC。若将这些临(lín)床变量与加权(quán)平均分进行结合,AUC也将进一步提高。因此,该多(duō)变量模型表明加权(quán)平(píng)均分可作为(wéi)一个独立的指(zhǐ)标用于监测2型糖尿(niào)病血管并发症。
信号通路(lù)分析和功(gōng)能探究 有并发症和(hé)无并发症(zhèng)病人(rén)的(de)135个差(chà)异候选基因的功能注释分析表明,这些基因主要富集在(zài)一些经典的信号通(tōng)路(lù)。错误发(fā)现率相关P值位于前10%和基因数目≥3的信号通路(lù)包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导(dǎo)的信号通路。由IGF1R和IL-10介导(dǎo)的信号(hào)通路与胰岛素抵抗(kàng)及(jí)炎症反应相关,在血管生物(wù)学(xué)和糖尿病发(fā)生发展过程中发挥重要作(zuò)用。 Reactome相互作用(yòng)网络的中心表明,泛素编码(mǎ)基(jī)因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素(sù)A-52亚基核糖体(tǐ)蛋白融合产物(wù)1(UBA52)]是候选(xuǎn)基因(如(rú)SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要(yào)连接者。在这(zhè)135个差异候选基(jī)因中(zhōng), 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程相关的倾向,表明5hmC和糖尿病血管并发症之间可能存在时间依赖(lài)性的相互作用。基于纵向时间队列的(de)大样本研究,将可进一步明确5hmC变化和(hé)糖尿病(bìng)持(chí)续时间之间(jiān)的动态(tài)关联(lián)。关(guān)于单一并(bìng)发症和多种(zhǒng)并发(fā)症病人的159个(gè)候选(xuǎn)标志基因的功(gōng)能注释研究发现,存在细胞(bāo)-细胞(bāo)连接、胶原蛋(dàn)白形成、新陈代谢、细胞应激应答(dá)信号通路的富(fù)集(jí),这些(xiē)信号通路均与细(xì)胞基(jī)本功能密切相关。 研究意义 血管并(bìng)发症是三分之二糖(táng)尿病病(bìng)人(rén)的死亡原因,若(ruò)能及早有效控制(zhì)血(xuè)管并发症的(de)发生,将极大地(dì)改善(shàn)糖尿病(bìng)病人的(de)生存质量。该研究建立了一种利用cfDNA进(jìn)行2型糖尿(niào)病血管并(bìng)发症监测的无(wú)创(chuàng)便捷方法,较目前临床标志物能更准确地监控血管并发症的发(fā)生,从而提示临(lín)床及早采(cǎi)取应对(duì)措施,有效控制病情进展。
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