2019年10月1日,5-羟甲基(jī)化(huà)胞嘧啶(dìng)(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研究领域(yù)取(qǔ)得重(chóng)要进展。2型(xíng)糖尿病(T2D)的血(xuè)管并(bìng)发症是导致2型糖尿病致残致死的重要病因,一(yī)直(zhí)缺乏一种无(wú)创便(biàn)捷(jié)的临床途径实现血管(guǎn)并发症的发生发展(zhǎn)监测,达到早发(fā)现、早干预,以(yǐ)提高T2D病人(rén)的整体生活质量,减少卫生(shēng)经济负担。
该研究(jiū)入(rù)组了62例2型糖尿(niào)病病人,采用5hmC-Seal技术对(duì)血浆(jiāng)cfDNA中表观遗传标志(zhì)物5hmC的分布(bù)情(qíng)况进行检测,分析5hmC标志物与2型糖尿病血管并发症发生(shēng)发展的相关(guān)性。结果表明5hmC标志物的变化与T2D合并大血管/微血管(guǎn)事件具有相关性,主要涉及(jí)一(yī)些与血管生物(wù)学和糖尿病(包括胰(yí)岛素耐受和(hé)炎症反应)相(xiàng)关的基因和信(xìn)号通路。该(gāi)研究建(jiàn)立的16个基因(yīn)-5hmC标(biāo)志物组合检测可以准(zhǔn)确区分有并发症(zhèng)和无并发症(zhèng)的2型糖尿病病人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明(míng)显优(yōu)于传统临床(chuáng)变量例如白蛋白尿(niào)。除此之外,还建立(lì)了13个(gè)基因-5hmC标志物组合(hé)检测,可以进(jìn)一步区分(fèn)T2D合并单一并发症和多种并(bìng)发(fā)症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其他传统(tǒng)临床变量。该研究得出结论,5hmC标志物反映(yìng)了T2D病(bìng)人大血管/微血管并发症(zhèng)发生过程(chéng)中的表观遗(yí)传变化,因而(ér)5hmC-Seal检(jiǎn)测技术在监测糖尿病(bìng)血管并发症(zhèng)发生和进展方面具有良好的(de)临床应用(yòng)前景(jǐng)。
试验设计
本研究共纳入62例2型糖尿病病人,包括没有(yǒu)血管并(bìng)发症的病人12例,有单一血管并(bìng)发症的病人34例(24例发生大血管事件(jiàn),10例发生微(wēi)血管事件),以及(jí)有(yǒu)多(duō)种血管并发症的病人16例。试验收集(jí)62例病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外(wài)周血cfDNA中的5hmC序(xù)列(liè),进行二(èr)代测序,通过生物(wù)信息学分析找出并发(fā)症组与无(wú)并发症组之间有显著5hmC修饰差异的基因,单一(yī)并发症(zhèng)组(zǔ)和多种并发症(zhèng)组(zǔ)之间(jiān)有显著5hmC修饰差异的(de)基因。随后(hòu)利用回归模型对差异(yì)基因进一步筛选(xuǎn)、优化,弹性网络进一步筛选,计算加权平(píng)均分,最后得(dé)到一组具有高(gāo)度灵敏(mǐn)度和特(tè)异性(xìng)的5hmC生物(wù)标记物,并(bìng)进一步在(zài)实验组中验(yàn)证,分析其灵敏度(dù)和特异性(xìng)。并将新建立的5hmC标志物基因组(zǔ)合(hé)的检测性能与传(chuán)统临床变量进(jìn)行对比分(fèn)析。最后对相关(guān)基因(yīn)进行了信号通路(lù)分(fèn)析(xī)和(hé)功能探究。
5hmC修(xiū)饰(shì)水平与血(xuè)管并发症具有相关性
利用逻辑回归模(mó)型对62例有并发症和(hé)无并发症2型(xíng)糖尿病病人的5hmC差异水平进行分析发(fā)现,有并发(fā)症2型糖尿病病人(rén)的622个差异修饰(shì)候选基(jī)因(yīn)(包(bāo)括上调和(hé)下(xià)调基因(yīn))的归一化平均数要明(míng)显高于无并发症的病人(P<0.001),但是单一并发症和多发并发症(zhèng)病人之(zhī)间没有显著差(chà)异。
之后将有(yǒu)单一并发症(zhèng)或多(duō)种并发症的50例病人用逻辑回归模(mó)型进行(háng)了对(duì)比,发现多种(zhǒng)并发(fā)症的病人的153个差异(yì)修饰候选(xuǎn)基(jī)因(yīn)(包括上调和(hé)下调基因)的归一化平均数要低于无并发(fā)症病人(P<0.001)。
5hmC标志物可区分有无并发症患者
62例2型糖尿病病人被随机分成(chéng)训练组(zǔ)(n=31)和(hé)测(cè)试组(zǔ)(n=31)。利用弹性网(wǎng)络筛选后发(fā)现,16基因-5hmC标(biāo)志物组合检测(cè)可(kě)以用(yòng)于区分有并发症(zhèng)和(hé)无并发症的2型糖(táng)尿病病(bìng)人。
基于(yú)16基(jī)因组合(hé)模型(xíng) (Detection Model 1) 的加权平(píng)均分分析,发(fā)现无并发症病(bìng)人的分数在训(xùn)练集和测(cè)试集中都明显低于有并发症的病人。只考虑加权平均分的(de)话(huà),受试者工作特征曲线(ROC)分析表明(míng)将cutoff值设置成0.5时,在测试组中中的灵敏度为(wéi)60%,特异性为100%。 5hmC标志(zhì)物可区分病人是单(dān)一并发症还是多种并发症 50例有并(bìng)发症的(de)2型糖尿病(bìng)病人被(bèi)随(suí)机分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹性网(wǎng)络筛选后发现(xiàn),13基因-5hmC标志物(wù)组(zǔ)合可以区分2型糖尿病病人是否发生单一并发症或多种并发症。 基于13基因(yīn)组合模型 (Detection Model 2), 我们(men)计算(suàn)了单(dān)一并发症和多种(zhǒng)并发(fā)症的加权平(píng)均分,发现在训(xùn)练集(jí)和测(cè)试集(jí)中单(dān)一并发症(zhèng)和(hé)多(duō)种并发症病人的分数都有明显差(chà)异。值得(dé)一提的是,有肾病并发症和无肾病并发症病人(rén)的分(fèn)数也有明显差异。利用加权平均(jun1)分(fèn)作为判断标(biāo)准的受试(shì)者工作特征曲线(ROC)表(biǎo)明,在测试组中当将cutoff值设成0.69时(shí),灵敏度为(wéi)87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物(wù)与传统临床变量/危险因子的(de)对比 我们评估了(le)不同临床变(biàn)量/危险因子用于(yú)监测(cè)血管(guǎn)并发症(zhèng)的灵敏度和特异性(见表1)。
总体(tǐ)来(lái)说,结果表明一些临(lín)床变量(如尿液白蛋白、血清(qīng)ALT、AST、肌酐(gān)、GGT、脂蛋白a)虽(suī)然(rán)具有一定的灵敏度和特(tè)异性(xìng),但(dàn)是整体准确度仍然差强(qiáng)人意,因(yīn)此临(lín)床需要(yào)更加准确的方法。另外,我们还在训练组中建(jiàn)立5hmC和不同(tóng)临(lín)床变量的多变量组合(hé)模型进行评估,该模型加权平均分的AUC要明显大于(yú)传统临床变量的AUC。若将这些(xiē)临床变量与加权平均分进行结合,AUC也将(jiāng)进一步提高。因此,该多变量模型表明加权平均(jun1)分可作为一个(gè)独立的指标用于监测2型(xíng)糖尿病血管并发症。
信号通路分析和功能探究 有并发症和无(wú)并发症病人的135个差异候选基因的功能注释分析(xī)表明(míng),这些基因(yīn)主要富集在一(yī)些经典的信号通路(lù)。错误发现率相关P值(zhí)位于前10%和基(jī)因数目≥3的信号(hào)通路包括由IGF1R, IL-10和(hé)FGFR2所介导的信号通路。由(yóu)IGF1R和IL-10介导的信(xìn)号通路与胰(yí)岛素抵(dǐ)抗及炎症(zhèng)反(fǎn)应(yīng)相关(guān),在血管生物学和(hé)糖(táng)尿病发生发(fā)展过程中发挥(huī)重要作用。 Reactome相互作用网络的中心表明,泛素(sù)编(biān)码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素(sù)A-52亚(yà)基核(hé)糖体蛋白融合产物1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重(chóng)要连接者。在这135个(gè)差异候选基因中, 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病(bìng)病程(chéng)相关的倾向(xiàng),表(biǎo)明5hmC和糖尿病血管并发症之间(jiān)可能(néng)存在时间依赖(lài)性的相互作用。基于(yú)纵向时间队列(liè)的(de)大样本研(yán)究,将可进一步明确5hmC变化和(hé)糖尿病持(chí)续时间之间的动(dòng)态(tài)关联。关于(yú)单一并发症和多种并发症(zhèng)病人(rén)的159个候(hòu)选标志基因的功能注释研究发现,存在(zài)细胞-细胞连接、胶原(yuán)蛋白形成、新陈代谢、细(xì)胞应激应答信(xìn)号(hào)通路的富集,这些信号通路均(jun1)与细(xì)胞基本功能密切相关。 研(yán)究(jiū)意义 血管(guǎn)并(bìng)发(fā)症是三分之(zhī)二糖尿病(bìng)病人的死亡原因,若能及早有(yǒu)效(xiào)控制血管并发症(zhèng)的发(fā)生,将极大地改善糖尿(niào)病病(bìng)人的(de)生存质量。该研究建立(lì)了(le)一种利(lì)用cfDNA进行2型糖(táng)尿(niào)病血管并发(fā)症监测的无创便捷方法,较目前(qián)临床标志(zhì)物能更(gèng)准确地监控血管并发(fā)症的发生(shēng),从而提示(shì)临(lín)床(chuáng)及(jí)早采取应对(duì)措施(shī),有(yǒu)效控制病情进展。
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